L’organe décisionnel suprême de l'OMS est l'Assemblée mondiale de la Santé, aidée par le Conseil exécutif.

Au niveau régional, l’action de l’OMS est dictée par les Comités régionaux. Chaque année, début octobre, le Comité régional pour la Méditerranée orientale réunit tous les pays de la Région de la Méditerranée orientale. Lors de ces sessions, les États Membres discutent des politiques, activités et plans financiers régionaux et les approuvent.