En 1998, l'Assemblée mondiale de la Santé a adopté une résolution visant à éradiquer la poliomyélite et à lancer l'initiative mondiale pour l'éradication de cette maladie. En octobre de la même année, le Comité régional pour la Méditerranée orientale a voté en faveur d'une résolution adoptant la cible mondiale d’éradication. Un plan régional a été préparé, puis adopté par le Comité régional en 1999.

Le nombre de cas et de pays endémiques a diminué rapidement. En 1988, 35 000 cas ont été notifiés dans 22 pays. Ce nombre est passé à 113 cas virologiquement confirmés en 2004 dans seulement trois pays endémiques.

La Région a toujours été exposée à des importations de virus, ce qui a entraîné l’apparition de cas, en nombre limité, et qui ont été rapidement maîtrisés. Toutefois, l'importation du virus au Soudan en 2004, à partir du Tchad, a déclenché une épidémie dans ce pays. Celle-ci s'est propagée au Yémen en 2005, puis en Somalie en 2006. Les importations se poursuivent à partir des pays voisins mais leur propagation dans la Région a été limitée grâce à une préparation et à une riposte adéquates. L’une d’entre elles s’est produite au sud du Soudan en 2008 et a provoqué une flambée qui s'est propagée à l'ensemble du pays, puis au Kenya et à l'Ouganda voisins. Elle a été enrayée en juin 2009.

La situation au Pakistan a commencé à se détériorer en 2007 en raison de plusieurs facteurs, notamment l'insécurité, des catastrophes naturelles et la faible efficacité des campagnes de vaccination.

Enfin, en Afghanistan, la détérioration de la sécurité entraîne une circulation continue du virus dans le sud.

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