Au Soudan, la leishmaniose cutanée est causée par le parasite L. major (zymodème LON-1). Elle est endémique en de nombreux endroits du pays. Le vecteur est Phlebotomus papatasi et l'espèce réservoir est probablement le rat du Nil Arvicanthis niloticus.

Lors de la première flambée épidémique signalée à Khartoum, 10 000 cas ont été enregistrés. Le pic a été atteint en septembre 1986. La leishmaniose cutanée s'est propagée dans toute la province, mais la plupart des zones touchées se situaient près du Nil. Des hommes et des femmes de toute tranche d'âge, d'origine ethnique différente et de toutes les classes socioéconomiques, ont été touchés de la même manière, ce qui laisse penser qu'il s'agissait d'une nouvelle épidémie dans une population non immunisée.

Selon les études sur la prévalence de la leishmaniose cutanée auprès des écoliers, effectuées dans les villages sur chaque rive du Nil au nord de Khartoum, à la veille de l'épidémie de 1985, 4 % de la population souffrait de lésions actives, 47 % présentait des lésions cicatrisées et 43 % des personnes étaient positives à la leishmanine malgré l'absence de lésions passées ou actives. Au total, 91 % de la population était positive à la leishmanine. Un dispensaire a été mis en place, dans lequel 736 cas ont pu être traités et examinés. La durée des lésions allait de quelques jours à quatre mois ; dans 56 % des cas, elle était comprise entre un et trois mois. Les ulcères concernaient principalement les membres inférieurs et supérieurs. On a également observé des lésions à l'oreille, sur le cuir chevelu et les parties génitales, ainsi qu'aux jonctions mucocutanées. Certains facteurs ont sans doute contribué à cette flambée, comme les mouvements de population massifs depuis les régions endémiques connues de leishmaniose cutanée au Soudan, l'expansion urbaine et l'implantation dans des zones jusqu'alors inhabitées, la forte population de phlébotomes et l'augmentation du nombre de rongeurs, dont les espèces du genre Arvicanthis.