يوجد عدد من التحديات في مجال الصحة النفسية والخدمات الطبية النفسية في مصر.
إذ تخصص أغلب الموارد لعدد قليل من مستشفيات الطب النفسي المركزية الكبيرة. لكن عدد الأسرة المتوفرة للمرضى النفسيين لايزال غير كاف لتقديم الرعاية الإسعافية داخل المستشفى، وخاصة لأن 60% من الأسرة يشغلها مرضى لمدد طويلة.
أما عدد الساعات التي تقدم للتدريب في الصحة النفسية في كليات الطب ومعاهد التدريب الصحي فمحدود، ولا يعكس أهمية هذا المجال كمسبب للمراضة.
يدعم المكتب القطري لمنظمة الصحة العالمية وزارة الصحة والسكان في دمج الخدمات الصحية النفسية في الرعاية الصحية الأولية وزيادة الوعي في الكليات والجامعات على خفض وصمة المرض الصحي النفسي.