Kaboul est considéré comme le principal foyer de leishmaniose cutanée anthroponotique au mondeEn Afghanistan, la leishmaniose cutanée anthroponotique est un problème de santé publique majeur. Elle est causée par le parasite Leishmania tropica et transmise par Phlebotomus sergenti. Kaboul est actuellement le plus important foyer d'infection au monde. Dans le pays, dix provinces sur trente-quatre sont gravement touchées. Au niveau national, l'incidence estimée est de plus de 200 000 cas. Au total, 13 millions de personnes seraient concernées par le risque d'infection. Sur ces dix provinces prioritaires, celle de Kaboul est la plus touchée, avec 17 425 nouveaux cas (sur 41 072) signalés en 2009.

La maladie tend à causer des grappes de cas au sein d'un même foyer. On observe également une corrélation avec la hauteur des habitations, les personnes qui vivent aux étages supérieurs ayant moins de risque de présenter des lésions actives ou des cicatrices. Le risque d'infection est aussi lié à la présence de lésions actives chez les autres membres du foyer. Les migrations et déplacements contribuent à accroître le nombre de nouveaux cas d'infection par an. D'après des recherches menées à Kaboul, pour une augmentation de 1 % du nombre de migrants dans un district de la ville, le risque de lésions actives augmente de 12 %. La prévalence s'élève avec l'âge jusqu'à 15 ans, puis elle décroît, probablement en raison de l'immunisation. La majorité des lésions concernent la tête et les bras ; rarement mortellles, elles sont toutefois à l'origine d'une forte stigmatisation sociale. Les lésions mucocutanées sont très rares, mais les infections bactériennes secondaires sont fréquentes, même si les chiffres restent limités.

La leishmaniose cutanée zoonotique causée par le parasite L. major est endémique dans les régions rurales du nord du pays, situées près du fleuve Amou-Daria. Les vecteurs sont Phlebotomus papatasi et probablement Phlebotomus caucasicus. En 2005, une première flambée épidémique a été signalée à Mazar-i-Sharif.