يركز مكتب منظمة الصحة العالمية في السودان خلال العامين 2012 و 2013 على دعم الحكومة السودانية من خلال البرامج الرئيسية التالية:

ترصد الأمراض السارية والاستجابة لها

مكافحة الأمراض المدارية المهملة

الاستعداد للطوارىء والأعمال الإنسانية

البرنامج الموسع للتمنيع

حماية الصحة، وتعزيزها، وتنمية المجتمع

تنمية النظم والخدمات الصحية

الوقاية من مرض الإيدز وفيروسه ومكافحتهما

الوقاية من الملاريا ودحرها

مبادرة استئصال شلل الأطفال

دحر السل

وبوصفها وكالة قيادية، تقوم منظمة الصحة العالمية بدور رئيسي في رعاية الشراكة وتنسيق جميع المداخلات الصحية في السودان. كما تقوم المنظمة بتمويل  أنشطة البرنامج من الميزانية العادية ومن الإسهامات الطوعية التي يقدمها المانحون.